Les microorganismes sont utilisés depuis des millénaires dans les systèmes alimentaires, par exemple pour la fermentation des aliments. Ces dernières années, les connaissances sur les microbiomes – les microorganismes, leurs gènes, les molécules qu’ils produisent et leur environnement – ont fortement progressé, notamment grâce aux techniques de séquençage haut débit. On sait aujourd’hui que les microorganismes sont omniprésents dans notre environnement, et qu’ils jouent un rôle majeur dans la santé des sols, des plantes, des animaux, des êtres humains et des écosystèmes en général.

Grâce à leurs multiples fonctions, ils sont présentés comme des solutions potentielles pour relever les défis posés par la mise en place de systèmes alimentaires plus durables, du champ à l’assiette. Les microorganismes pourraient ainsi contribuer à réduire l’utilisation de produits chimiques de synthèse dans les cultures, à limiter le recours aux antibiotiques dans les élevages, à diversifier les sources de protéines, ou encore à améliorer le goût, la texture ou la conservation des produits alimentaires grâce à la fermentation.

Dans cette prospective il s’agira de construire des scénarios exploratoires de systèmes agricoles et alimentaires européens durables et favorables à la santé, s’appuyant sur les microorganismes. Ces scénarios reposeront sur des hypothèses contrastées d’évolution des différentes composantes du système étudié, par exemple : les modes de production des microorganismes, leurs usages, les comportements des consommateurs, les politiques publiques et les réglementations, les connaissances, techniques et innovations, etc. Par l’élaboration de visions communes, la prospective permet de créer un espace de discussion entre les parties prenantes autour de projections des futurs ; la dernière phase du projet sera ainsi dédiée à la présentation et la mise en débat des scénarios auprès de différents publics.

Comment les microorganismes et les microbiomes seront-ils mobilisés dans l’agriculture et l’alimentation de demain ?
Avec quelles pratiques, connaissances et technologies ?
Quelles politiques et réglementations les accompagneront ?
Comment les agriculteurs et les consommateurs percevront-ils ces évolutions ?

C’est ce que la prospective « Microbes » a exploré en construisant différents scénarios de systèmes agricoles et alimentaires européens durables et favorables à la santé s’appuyant sur les microorganismes, à l’horizon 2050.